برای تحقیقات روی ویروس ها نخست باید آنها را خالص سازی کرد که این کار چون اندازه ویروس بسیار کوچک است بسیار مشکل و پیچیده می باشد و چون ویروس برای زنده ماندن نیازبه محیط زنده دارد باید این کار را در پیکر موجود زنده انجام داد و این کاردر محیط های کشت مقدور نمی باشد. برای این کار نخست عصاره ای که ازروی گیاه مورد نظر بدست آمده را روی گیاهانی که در آنها علا ئم بصورت لکه ای می باشد و نه سیستمیک مایه زنی می کنیم  وقتی که علائم رؤیت شد لکه های آلوده را جدا و سپس  عصاره ی آن را دوباره به یک گیاه که علائم را بصورت لکه ای نشان می دهد مایه زنی می کنیم که باید 3 بار انجام شود پس از آخرین مایه زنی لکه را جداکرده و عصاره ی حاصل از آن را به یک گیاه که علائم را بصورت سیستمیک نشان می دهد مایه زنی  می کنند به این ترتیب ویروس که ما بدست می آوریم خالص است .


ما می توانیم این ویروس را بصورت فیزیکی جداسازی کنیم و یا می توانیم آن رانگهداری کنیم برای نگهداری می توان آن رامرتبا ًمایه زنی کرده  (البته پس ازخالص سازی) که این کار بهترین کار است .

    خالص کردن ویروسها ابتدا به طریق شیمیایی که از شیمی مواد پروتئینی اقتباس شده صورت گرفته است. اما برای بعضی ویروسها استفاده از سانتریفیوژهای با دور زیاد به مراتب آسانتر و بهتر است، زیرا باعث نمی شود بعلت عملیات شیمیایی صدمه ای به ویروسها وارد بیاید. همچنین پایداری ویروس های گیاهی بسته به عوامل مختلف فیزیکی و شیمیایی و آنزیم هایی که در خلال جداسازی و نگه داری با آنها روبه رو می شوند ، تنوع زیادی نشان می دهند . به همین دلیل قواعد و اصول کاربردی که به طور عمومی و کلی ، به عنوان یک روش جداسازی برای تمام ویروس ها ی گیاهی قابل توصیه باشد ، وجود ندارد .برای جدا کردن و خالص کردن ویروس، نباتات مبتلا را ابتدا در یخچال منجمد مینمایند و سپس آنرا در سانتریفوژی با دور کم میچرخانند تا کلیه ذرات خارجی از آن جدا شده مایع بیرنگی بدست آید. این مایع بیرنگ را در سانترفوژهای قوی بیش از 10 هزار دور در دقیقه میچرخانند تا ویروس خالص رسوب نماید.